Naturlig stormflodssikring
Men der bliver ikke kun plads til biler og nybebyggelse på øen, men også nyetableret natur. I forbindelse med byudvidelsen er planen nemlig, at der skal konstrueres et stort naturbælte ud mod Øresund, bestående af vild natur med skov, sletter samt laguner af sand- og stenstrande det sidste stykke ud mod havet. Hvis det nye naturprojekt godkendes, bliver Lynetteholmens samlede areal på 282 hektar mod de oprindeligt projekterede 190.
Selvom arbejdet med Lynetteholmen forventes påbegyndt i år, er der tale om et særdeles langsigtet projekt.
Arbejdet med jordopfyld vil ifølge planen fortsætte helt frem til 2070, hvor det også er planen, at de første af de projekterede 35.000 beboere vil kunne flytte ud på øen. Arbejdet med byplanlægning på den nye del af København igangsættes i år 2035.
Lynetteholmen bliver til i et samarbejde mellem By og Havn, København Kommune og Bolig- og Transportministeriet. Rådgiverholdet består af COWI som hovedrådgiver og Tredje Natur og Arkitema som underrådgivere.